2012年6月27日、トヨタはパッソを一部改良した。またダイハツも兄弟車にあたるブーンを一部改良し、ともに全国の系列店にて発売を開始した。今回はトランスミッションほか各種部品のフリクション低減などにより、1.0Lの2WD車で約10％の向上となるJC08モード21.2km/Lの低燃費を実現。また、これにアイドリングストップ機能を搭載したモデルでは同じく23.0km/Lとなり、新エコカー減税の75％軽減レベルに適合させた。パッソの場合、1.0X “V package”を除く1.0L・2WD車には、メーカーオプションのVSC（ヴィークル・スタビリティ・コントロール）＆TRC（トラクション・コントロール）装着時に、同じくメーカーオプションのアイドリングストップ機能が選択可能になっている。ちなみにVSC＆TRCのオプショナルチャージは6.3万円（消費税込み、以下同）、アイドリングストップ機能は同じく8.4万円だ。
またパッソには同時に、特別仕様車の「1.0X“Kutsurogi”」が新たに設定された。これは「1.0X」をベースに、内装色に特別設定色のブラウニーを採用したモデル。落ち着きのある室内空間を演出するとともに、スーパーUVカットガラスをフロントドアに特別装備するなど快適性も向上させている。また外板色には特別色のヒスイパールメタリック（オプション）を含む、全10色が用意されている。
トヨタ・パッソの消費税を含むメーカー希望小売価格は以下の通り。
一方、生産も担当しているダイハツのブーンだが、今回の改良で1.3Lモデルがラインアップから外され、1.0Lエンジン搭載車のみとなっている。さらに2WD全車にアイドリングストップ機構を標準装備として搭載し、冒頭の23.0km/Lという燃費を実現。新エコカー減税の75%軽減レベルに適合となった。
またブーンは今回、2WD全車に滑りやすい路面でも安定した走行を可能にするVSC とTRCを標準装備とし、安全性を向上させている。さらに安全基準の変更に伴ってリヤ中央席のヘッドレストを追加し、同席のベルトを3点式ELRシートベルトに変更している。また外板色は今回の改良で全9色の設定となっている。
ダイハツ・ブーンの消費税を含むメーカー希望小売価格は以下の通り。
