2012年6月4日、トヨタはをアイシスを一部改良し、全国のトヨタ店を通じて発売した。今回はエンジンなどの改良により、JC08モード燃費が1.8L車は15.2km/L（4WD車は13.6km/L）、2.0L車は14.4km/Lまで向上。これにより全車が平成27年度燃費基準を達成し、すでに認定を取得している平成17年基準排出ガス75％低減レベルと併せて、環境対応車普及促進税制（エコカー減税）の対象車となった。
またステアリングホイールの意匠変更や2列目シート中央席に３点式シートベルトを標準装備したほか、フロントドアガラスには紫外線を約99％カットするスーパーUVカットガラスや高濃度タイプのプラズマクラスターを採用（G／プラタナ“V-SELECTION”）するなど、快適性を高めた。さらにボディカラーには新たにベージュメタリック（G／L／L“X-SELECTION”）を含む全８色を設定した。
消費税を含むメーカー希望小売価格（以下同）は以下の通り。グレードにより、改良前に比べて7000円〜5万5000円高の設定となっている。またウェルキャブ（メーカー完成特装車）についてもベース車と同様の改良を施し、2012年秋頃より順次発売する予定だ。
