2012年6月25日、ホンダはワゴンスタイルのコンパクトカー「フィットシャトル」と「同ハイブリッド」を一部改良し、FF車については同日より発売した。なお4WD車については、7月20日からの発売を予定している。価格については別表を参照。なお、国内の販売計画台数はデビュー当時と同様の月間4000台となっている。
今回、フィット シャトルと同ハイブリッド共通の主な変更点としては、フォグライトを標準装備して、エクステリアの質感を向上したことが挙げられる（15C、HYBRID-Cを除く）。また、上質なインテリアを演出するLEDコンソールライトやLEDドリンクホルダーイルミネーションを採用。さらに15CとHYBRID-Cを除いて、ETC車載器を標準装備としている。
さらにリヤワイドカメラや照明付きオーディオリモートコントロールスイッチなど、ディーラーオプションの純正ナビを手軽に装着できるナビ装着用スペシャルパッケージを追加設定。ボディカラーは「アズールブルー・メタリック」を追加して、全10色のカラーバリエーションとしている。
次にフィット シャトルの主な変更点としては、FF車はJC08モード走行燃料消費率を18.8km／Lに向上（16インチアルミホイール装着車を除く）。またリヤのコンビネーションランプをメッキ＋クリアスモークに変更している。さらに4WD車にもVSA（車両挙動安定化制御システム）を標準装備し、安全性能を向上している。
最後にフィット シャトル ハイブリッドについては、エクステリアにHYBRIDエンブレム（サイド）を追加している。ちなみにフィット ハイブリッドに追加された1.5Lエンジン＋IMAを搭載する「RS」グレードは、今回のフィット シャトル ハイブリッドでは設定されなかった。
